La Itaipu Binacional es regida por el Tratado de Itaipu y sus Adjuntos A (Estatuto), B y C, celebrados entre Brasil y Paraguay, en 1973. El Tratado y sus Adjuntos, y los acuerdos diplomáticos (Anotaciones) subsiguientes definen la regencia de la empresa. En el caso de asuntos específicos, puede haber la observancia a las leyes internas de uno o de otro país, desde que estén en conformidad con el Tratado.

La alta administración de la empresa es compuesta por el Consejo de Administración y por el consejo directivo, formados por brasileños y paraguayos en igual número y nombrados por los respectivos gobiernos. Los consejeros son independientes y no hay especificaciones en cuanto su formación profesional. Tienen mandato de cuatro años y los directores de cinco años, pudiendo haber renovación o sustitución anticipada, conforme decisión gubernamental. La actual composición del Consejo cuenta con dos mujeres, una de cada nacionalidad.

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El Adjunto A del Tratado (Estatuto), el Regimiento Interno y el Manual de Organización son los documentos principales que definen las atribuciones y capacidades del consejo y del consejo directivo. Anualmente, el consejo realiza seis reuniones ordinarias y puede convocar reuniones extraordinarias a cualquier momento. Las decisiones son hechas con paridad de votos. No habiendo número igual de consejeros brasileños y paraguayos en una reunión, se realiza un sorteo para definir los no votantes hasta que se alcance un número igual de votantes entre los países. A cada edición es electo un presidente, alternando las nacionalidades.

Participan de esas reuniones, además de los consejeros, representantes del Ministerios de Relaciones Exteriores de los países socios y los directores generales de la empresa, pero ellos no tienen derecho a voto. El consejo directivo realiza dos reuniones mensuales.

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A cada reunión, los consejeros reciben un informe arreglado por las Asesorías de Planificación Empresarial, con informaciones de aspectos económicos, ambientales y sociales de la Empresa. Ese documento sirve como apoyo para una de las atribuciones del Consejo de revisar y aprobar el plan empresarial, que incluye objetivos relacionados a la Sostenibilidad. No hay comités específicos de apoyo al Consejo.

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El modelo de negocio de la Itaipu Binacional es considerado una referencia para cooperación internacional entre naciones, con la construcción y administración de iniciativa conjunta.