As estratégias de gestão operacional da Itaipu são definidas pelo Conselho de Administração e pela Diretoria Executiva, a partir de consensos entre os representantes dos países sócios. Questões específicas, entre elas a aprovação das Demonstrações Financeiras, exigem pareceres prévios da Eletrobras e da Ande.

O modelo de gestão adotado se chama Sistema de Planejamento e Controle Empresarial, que administra os recursos de forma coordenada e prevê a elaboração do Plano Empresarial composto pelo Plano Estratégico, pelas Diretrizes Táticas e pelo Plano Operacional. O Plano Estratégico define a Missão, a Visão, as Políticas e Diretrizes Fundamentais e os Objetivos Estratégicos. Um breve desafio empresarial será discutir a Visão, atualmente com horizonte de 2020.

A principal ferramenta de elaboração e execução deste Plano é o Balanced Scorecard (BSC), que apresenta, além dos Objetivos Estratégicos, metas e indicadores empresariais formalizados e publicados por meio das Diretrizes Táticas. Para subsidiar a elaboração dos Mapa Estratégico (BSC), vem sendo utilizada a metodologia de análise SWOT, que considera diferentes cenários, ambientes e tendências, incluindo seus impactos, riscos e oportunidades relevantes.

A Gestão por Processos e a Gestão de Projetos também são suporte para a elaboração do Plano Operacional dos próximos cinco anos. Com relação a Processos, há um alinhamento transversal dos fluxos aos demais elementos de gestão. No que diz respeito a Projetos, há uma metodologia que deve ser utilizada para proposição, monitoramento e avaliação da performance física e orçamentária dos projetos empresariais.