La Itaipu paga royalties a Brasil y a Paraguay por la utilización del potencial hidráulico de Rio Paraná desde 1991. Las reglas que rigen los royalties pagados por Itaipu no son las mismas para las demás hidroeléctricas brasileñas, pues ésas están definidas en el Adjunto C del Tratado de Itaipu. El documento establece que la compensación debe ser paga en valores iguales a los dos países y que el valor de repaso debe ser calculado con base en el megawatt-hora de energía suplida.

En Brasil, Itaipu efectua el pago junto al Tesoro Nacional y la Agencia Nacional de Energía Eléctrica (Aneel) es responsable de administrar la distribución de los recursos entre los municipios, estados y Unión. El valor pago a cada municipio es proporcional a la extensión del área inundada en su territorio para la formación del reservatorio, conforme percentuales definidos por la Aneel.

Estados y ciudades a montante (arriba) de la usina, que fueron indirectamente afectados por el reservatorio, también reciben una compensación. Los recursos de royalties pueden ser aplicados en programas de salud, educación y seguridad, pero no pueden ser usados para pago de personal ni para abatimiento de deudas, sino que el acreedor sea la Unión.

En 2015 Itaipu pagó, a título de royalties, más de US$ 239,5 millones. El valor, en comparación con el año anterior, fue 5,37% menor (diferencia de US$ 13,6 millones).