En la época de la instalación de la usina, el bioma donde se insiere la iniciativa (Mata Atlántica) se encontraba severamente impactado por el avance de la frontera agrícola y por la exploración maderera. La pérdida de habitats sometió las poblaciones remanentes de las especies nativas de fauna y flora al aislamiento y, consecuentemente, al riesgo de extinción. En aquel período no había normas aplicables, por eso Itaipu no posee áreas denominadas 'habitats de compensación' al área inundada.

Un estudio reveló que en el área en torno al reservatorio, en territorio brasileño, apenas 23% eran florestas, 24,7% eran áreas con bosques explorados en fase de regeneración natural y 50,3% eran destinadas a la agricultura. Para reestructurar el patrimonio biológico, la empresa invertió en la implantación de Áreas de Preservación Permanente (APP), que consisten en la Franja de Protección del Reservatorio, y creó dos Refugios Biológicos en el territorio brasileño (Bella Vista y Santa Helena, con 1.920 y 1.482 hectáreas cada, respectivamente).

Con acciones de forestación y aparcerías, Itaipu posibilitó la conexión entre Parque Nacional del Iguaçu y el Parque Nacional de Ilha Grande y, al establecer el Pasillo Ecológico Santa Maria, conectó los dos parques a la Hacienda Santa Maria y a la Franja de Protección, en la intención de mantener el flujo genético de las especies locales. Desde 2009 Itaipu, en conjunto con 13 instituciones públicas y organizaciones no gubernamentales, participa del Proyecto "Acciones de Gobernanza Participativa en el Pasillo de Biodiversidad de Rio Paraná - Bioma Mata Atlántica”, para que esa región sea reconocida como un potencial pasillo de biodiversidad.

Considerando como línea de base los levantamientos sobre flora y fauna realizados antes de la instalación de la iniciativa, no fue verificada la extinción de especies resultante de la construcción u operación de la usina. Al contrario, muchas especies nativas encontraron condiciones para establecimiento y reproducción en las áreas que pasaron a ser protegidas y reforestadas.

Desde entonces, no hubo nuevas intervenciones (obras o procedimientos) con potencial para afectar la biodiversidad en áreas protegidas o no, manteniéndose la rutina operacional ya consolidada por la hidroeléctrica. La única medida operativa que tendría potencial para causar daños a la biodiversidad serían las maniobras de paradas de máquinas generadoras de energía para mantenimiento. Para evitar la mortalidad de peces, hay protocolos que objetivan al rescate y a la soltura de los peces retenidos. En 2015 fueron realizadas 30 operaciones de rescate, con el salvamento de 2.888 peces de 43 especies.

Un de los abordajes utilizados para la administración de las acciones dirigidas a la conservación de la biodiversidad es el análisis de medio y largo plazo de los resultados de los monitoreos realizados. Un ejemplo es el monitoreo de huevos y larvas de peces: en 2015, fue posible identificar en el reservatorio las áreas de ocurrencia de desove de 37 especies. Tal mapeamiento posibilita identificar estándares que orienten los usos múltiples del ambiente, minimizando los impactos sobre la reproducción de estas especies.

En función de la dimensión, de la extensión y de su relevancia para la conservación de la biodiversidad regional, Itaipu cuenta con una brigada para la prevención y combate a incendios forestales en las áreas protegidas de la entidad, margen brasileño, coordenada por un equipo técnico propio, capacitado y habilitado para ese fin. También tiene apoyo de una red de instituciones socias, de la comunidad lindera y de los empleados de empresas que prestan servicios en los Refugios Biológicos. En 2015 fueron controlados siete focos de incendios, que alcanzaron 0,127 km² en cuatro municipios linderos al reservatorio.

La eficacia del sistema de administración ambiental, la evaluación de impactos y la agenda voluntaria de conservación de la biodiversidad de Itaipu fueron reconocidas por el Instituto Life en 2015. Entre las principales acciones evaluadas están la conservación de 105 mil hectáreas de florestas; el Programa Cultivando Água Buena; la creación del Canal de la Piracema; la implantación del Pasillo de la Biodiversidad Santa Maria; y proyectos de reproducción de especies de la fauna típicas de la mata atlántica y que encuentran amenazadas, como la harpia.

Para los casos de oscilación del nivel del reservatorio, Itaipu posee un Plan de Contingencia que prevé el monitoreo de toda su extensión y de sus márgenes, así como del Canal de la Piracema, objetivando evitar eventuales efectos provocados por la reducción del nivel de las aguas, tales como el aprisionamiento de piscis en pequeños lagos y comprometimiento de usos múltiples del lago (pesca, ocio, navegación etc.).

Las oscilaciones climáticas que redujeron la pluviosidad en la bacía de Rio Paraná en el último año llevaron a la retracción de los márgenes del reservatorio y formación de 26 lagos aislados con peces aprisionados. Fueron realizadas intervenciones en 12 de ellos, como la apertura de canales para acceso de los peces al reservatorio a fin de evitar la mortalidad de los animales por factores físico-químicos, depredación natural o pesca predatoria.

La empresa cuenta con el apoyo de una red de contactos distribuida en toda la extensión, capacitada y habilitada y también con el apoyo y aparcería de los organismos ambientales y de seguridad pública para cohibir eventuales acciones depredatórias contra el medio ambiente.

En el período repuesto también fueron realizadas 20 campañas de limpieza del reservatorio en aparcería con el Consejo de Desarrollo de los Municipios Linderos al Lago de Itaipu, colonias o asociaciones de pesca y diez ayuntamientos, las cuales disponibilizaron camiones y realizaron la destinación y descarte apropiado del material recogido. Fueron retirados 58.400 quilos de basura del área del reservatorio y de la franja de protección, además de 487 frascos y/o envases de agrotóxicos, encaminados para la Asociación de los Comerciantes de Agroquímicos de la Costa Oeste - ACCO, con sede en Santa Terezinha de Itaipu.

Franja de Protección (en territorio brasileño): sirve de soporte para la fauna y flora nativas, reduce erosión, sedimentación y la polución de los recursos hídricos, con área total de 34.000 hectáreas de área reforestada a los márgenes del reservatorio.

Pasillo Ecológico Santa Maria: conecta la mata ciliar del reservatorio de Itaipu al Parque Nacional del Iguaçu. Posee 13 kilómetros de extensión.

Canal de la Piracema: promueve la conectividad entre las poblaciones de peces migratorios, conectando el Río Paraná (abajo de la usina) al reservatorio. Posee 10,3 kilómetros de extensión, es el mayor y más complejo pasillo para peces del mundo. Especies como pacú, dorado y curimba reciben marcación electrónica y son monitorizados y 61 especies fueron registradas en el local en el período 2014-2015.

Refugios Biológicos: son ocho reservas y refugios en Brasil y en Paraguay, donde son realizados estudios y investigaciones en especies de la flora y fauna y acciones de educación ambiental para la población.

Criadero de Animales Silvestres de Itaipu Binacional (Casib): realiza investigaciones de reproducción en cautiverio de especies regionales raras o amenazadas de extinción en el país.

Zoológico Roberto Ribas Lange: briga animales de la fauna regional oriundos del Casib, de otros zoos o que son destinados por organismos ambientales.

Hospital Veterinário: presta servicio de ambulatorio y clínico, cirugías y necropsias a animales silvestres (libres o en cautiverio), además de promover investigaciones científicas.

Banco de Germoplasma: estoquea material genético de especies de animales y plantas nativas, en nitrógeno y puerta semillas.

Vivero Florestal producen mudas de especies nativas que son destinadas para recuperación de los bosques ciliares en la región, franja de protección y refugios.

Huerto Medicinal/Herbolario: realiza actividades de educación, cultivo, beneficiación y distribución de especies medicinales, condimentares y aromáticas que atienden a los programas Plantas Medicinales y Desarrollo Rural Sostenible.

Estudios de reproducción en cautiverio de especies de peces regionales: los resultados benefician indígenas, asentados de la reforma agraria, ribereños, colonias y asociaciones de pescadores artesanales, quiénes reciben los alevinos para engorde en red, por medio del Programa de Producción de Peces en Nuestras Aguas de Itaipu.

La usina está localizada dentro de una Área de Preservación Permanente, siendo 1.006,62 km² en área seca (327,96 km² en Brasil; 665,10 km² en Paraguay e 13,53 km² binacional) y 1.350 km² 2 de área inundada (siendo 770 km² en Brasil y 580 km² en Paraguay). El área, que incluye el Canal de la Piracema, no se encuadra en las clasificaciones de protección de la Convención de Ramsar y de la Unión Internacional para Conservación de la Naturaleza y de los Recursos Naturales (IUCN), pero es área prioritaria para conservación de la biodiversidad, de importancia biológica “muy alta”, de acuerdo con los esfuerzos nacionales.

Las áreas protegidas adyacentes a Itaipu incluyen el Parque Nacional del Iguaçu, el Parque Nacional de Ilha Grande, el Parque Estadual Cabeça de Cachorro, la Reserva Particular del Patrimonio Natural (RPPN) Santa Maria y otras RPPNs que se extienden en el territorio de los estados de Paraná y Mato Grosso do Sul, totalizando 2.644,57 km² de área seca y 323,15 km² de área inundada