A Itaipu paga royalties ao Brasil e ao Paraguai pela utilização do potencial hidráulico do Rio Paraná desde 1991. As regras que regem os royalties pagos pela Itaipu não são as mesmas para as demais hidrelétricas brasileiras, pois essas estão definidas no Anexo C do Tratado de Itaipu. O documento estabelece que a compensação deve ser paga em valores iguais aos dois países e que o valor de repasse deve ser calculado com base no megawatt-hora de energia suprida.

No Brasil, a Itaipu efetua o pagamento junto ao Tesouro Nacional e a Agência Nacional de Energia Elétrica (Aneel) é responsável por gerenciar a distribuição dos recursos entre os municípios, estados e União. O valor pago a cada município é proporcional à extensão da área alagada em seu território para a formação do reservatório, conforme percentuais definidos pela Aneel.

Estados e cidades à montante (acima) da usina, que foram indiretamente afetados pelo reservatório, também recebem uma compensação. Os recursos de royalties podem ser aplicados em programas de saúde, educação e segurança, mas não podem ser usados para pagamento de pessoal nem para abatimento de dívidas, a não ser que o credor seja a União.

Em 2015 a Itaipu pagou, a título de royalties, mais de US$ 239,5 milhões. O valor, em comparação com o ano anterior, foi 5,37% menor (diferença de US$ 13,6 milhões).