Na época da instalação da usina, o bioma onde se insere o empreendimento (Mata Atlântica) encontrava-se severamente impactado pelo avanço da atividade agrícola e pela exploração madeireira. A perda de habitats sujeitou as populações remanescentes das espécies nativas de fauna e flora ao isolamento e, consequentemente, ao risco de extinção. Naquele período não havia normas aplicáveis, por isso a Itaipu não possui áreas denominadas ‘habitats de compensação’ à área alagada.

Um estudo revelou que na área em torno do reservatório, em território brasileiro, apenas 23% eram florestas, 24,7% eram áreas com matas exploradas em fase de regeneração natural e 50,3% eram destinadas à agricultura. Para reestruturar o patrimônio biológico, a empresa investiu na implantação de Áreas de Preservação Permanente (APP), que consistem na Faixa de Proteção do Reservatório, e criou dois Refúgios Biológicos no território brasileiro (Bela Vista e Santa Helena, com 1.920 e 1.482 hectares cada, respectivamente).

Com ações de reflorestamento e parcerias, a Itaipu possibilitou a conexão entre o Parque Nacional do Iguaçu e o Parque Nacional de Ilha Grande e, ao estabelecer o Corredor Ecológico Santa Maria, interligou os dois parques à Fazenda Santa Maria e à Faixa de Proteção, na intenção de manter o fluxo gênico das espécies locais. Desde 2009 a Itaipu, em conjunto com 13 instituições públicas e organizações não governamentais, participa do Projeto "Ações de Governança Participativa no Corredor de Biodiversidade do Rio Paraná - Bioma Mata Atlântica”, para que essa região seja reconhecida como um potencial corredor de biodiversidade.

Considerando como linha de base os levantamentos sobre flora e fauna realizados antes da instalação do empreendimento, não foi verificada a extinção de espécies resultante da construção ou operação da usina. Ao contrário, muitas espécies nativas encontraram condições para estabelecimento e reprodução nas áreas que passaram a ser protegidas e reflorestadas.

Desde então, não houve novas intervenções (obras ou procedimentos) com potencial para afetar a biodiversidade em áreas protegidas ou não, mantendo-se a rotina operacional já consolidada pela hidrelétrica. A única medida operativa que teria potencial para causar danos à biodiversidade seriam as manobras de paradas de máquinas geradoras de energia para manutenção. Para evitar a mortalidade de peixes, há protocolos que visam ao resgate e à soltura dos peixes retidos. Em 2015 foram realizadas 30 operações de resgate, com o salvamento de 2.888 peixes de 43 espécies.

Uma das abordagens utilizadas para a gestão das ações direcionadas à conservação da biodiversidade é a análise de médio e longo prazo dos resultados dos monitoramentos realizados. Um exemplo é o monitoramento de ovos e larvas de peixes: em 2015, foi possível identificar no reservatório as áreas de ocorrência de desova de 37 espécies de peixes. Tal mapeamento torna possível identificar padrões que orientem os usos múltiplos do ambiente, minimizando os impactos sobre a reprodução destas espécies.

Em função da dimensão, da extensão e de sua relevância para a conservação da biodiversidade regional, a Itaipu conta com uma brigada para a prevenção e combate a incêndios florestais nas áreas protegidas da entidade, margem brasileira, coordenada por uma equipe técnica própria, capacitada e habilidade para esse fim. Também tem apoio de uma rede de instituições parceiras, da comunidade lindeira e dos empregados de empresas que prestam serviços nos Refúgios Biológicos. Em 2015 foram controlados sete focos de incêndios, que atingiram 0,127 km2 em quatro municípios lindeiros ao reservatório.

A eficácia do sistema de gestão ambiental, a avaliação de impactos e a agenda voluntária de conservação da biodiversidade da Itaipu foram reconhecidas pelo Instituto Life em 2015. Entre as principais ações avaliadas estão a conservação de 105 mil hectares de florestas; o Programa Cultivando Água Boa; a criação do Canal da Piracema; a implantação do Corredor da Biodiversidade Santa Maria; e projetos de reprodução de espécies da fauna típicas da mata atlântica e que que se encontram ameaçadas, como a harpia.

Para os casos de oscilação do nível do reservatório, a Itaipu possui um plano de contingência que prevê o monitoramento de toda a sua extensão e de suas margens, bem como do Canal da Piracema, visando evitar eventuais efeitos provocados pela redução do nível das águas, tais como o aprisionamento de peixes em pequenas lagoas e comprometimento de usos múltiplos do lago (pesca, lazer, navegação etc.).

As oscilações climáticas que reduziram a pluviosidade na bacia do Rio Paraná no último ano levaram à retração das margens do reservatório e formação de 26 lagoas isoladas com peixes aprisionados. Foram realizadas intervenções em 12 delas, como a abertura de canais para acesso dos peixes ao reservatório a fim de evitar a mortalidade dos animais por fatores físico-químicos, predação natural ou pesca predatória.

A empresa conta com o apoio de uma rede de contatos distribuída em toda a extensão, capacitada e habilitada e também com o apoio e parceria dos órgãos ambientais e de segurança pública para coibir eventuais ações depredatórias contra o meio ambiente.

No período reportado também foram realizadas 20 campanhas de limpeza do reservatório em parceria com o Conselho de Desenvolvimento dos Municípios Lindeiros ao Lago de Itaipu, colônias ou associações de pesca e dez prefeituras, as quais disponibilizaram caminhões e realizaram a destinação e descarte apropriado do material recolhido. Foram retirados 58.400 quilos de lixo da área do reservatório e da faixa de proteção, além de 487 frascos e/ou vasilhames de agrotóxicos, encaminhados para a Associação dos Comerciantes de Agroquímicos da Costa Oeste – ACCO, com sede em Santa Terezinha de Itaipu.

Faixa de Proteção (em território brasileiro): serve de suporte para a fauna e flora nativas, reduz erosão, assoreamento e a poluição dos recursos hídricos, com área total de 34.000 hectares de área reflorestada às margens do reservatório.

Corredor Ecológico Santa Maria: interliga a mata ciliar do reservatório da Itaipu ao Parque Nacional do Iguaçu. Possui 13 quilômetros de extensão.

Canal da Piracema: promove a conectividade entre as populações de peixes migratórios, conectando o Rio Paraná (abaixo da usina) ao reservatório. Possui 10,3 quilômetros de extensão, é o maior e mais complexo corredor para peixes do mundo. Espécies como pacu, dourado e curimba recebem marcação eletrônica e são monitorados e 61 espécies foram registradas no local no período 2014-2015.

Refúgios Biológicos: são oito reservas e refúgios no Brasil e no Paraguai, onde são realizados estudos e pesquisas em espécies da flora e fauna e ações de educação ambiental para a população.

Criadouro de Animais Silvestres da Itaipu Binacional (Casib): realiza pesquisas de reprodução em cativeiro de espécies regionais raras ou ameaçadas de extinção no país.

Zoológico Roberto Ribas Lange: abriga animais da fauna regional oriundos do Casib, de outros zoológicos ou que são destinados por órgãos ambientais.

Hospital Veterinário: presta atendimento ambulatorial e clínico, cirurgias e necropsias a animais silvestres (livres ou em cativeiro), além de promover pesquisas científicas.

Banco de Germoplasma: estoca material genético de espécies de animais e plantas nativas, em nitrogênio e porta sementes.

Viveiro Florestal: produz mudas de espécies nativas que são destinadas para recuperação das matas ciliares na região, Faixa de Proteção e Refúgios.

Horto Medicinal/Ervanário: realiza atividades de educação, cultivo, beneficiamento e distribuição de espécies medicinais, condimentares e aromáticas que atendem aos programas Plantas Medicinais e Desenvolvimento Rural Sustentável.

Estudos de reprodução em cativeiro de espécies de peixes regionais: os resultados beneficiam indígenas, assentados da reforma agrária, ribeirinhos, colônias e associações de pescadores artesanais, os quais recebem os alevinos para engorda em tanques-rede, por meio do Programa de Produção de Peixes em Nossas Águas da Itaipu.

A usina está localizada dentro de uma Área de Preservação Permanente, sendo 1.006,62 km² em área seca (327,96 km² no Brasil; 665,10 km² no Paraguai e 13,53 km² binacional) e 1.350 km² de área alagada (sendo 770 km² no Brasil e 580 km² no Paraguai). A área, que inclui o Canal da Piracema, não se enquadra nas classificações de proteção da Convenção de Ramsar e da União Internacional para Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais (IUCN), mas é área prioritária para conservação da biodiversidade, de importância biológica “muito alta”, segundo esforços nacionais.

As áreas protegidas adjacentes à Itaipu incluem o Parque Nacional do Iguaçu, o Parque Nacional de Ilha Grande, o Parque Estadual Cabeça do Cachorro, a Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) Santa Maria e outras RPPNs, que se estendem no território dos estados do Paraná e Mato Grosso do Sul, totalizando 2.644,57 km² de área seca e 323,15 km² de área alagada.