O Conselho de Administração é um órgão normativo, deliberativo e de decisão, composto de doze Conselheiros nomeados: seis pelo Governo brasileiro, dos quais um é indicado pelo Ministério das Relações Exteriores e dois pela Eletrobras; seis pelo Governo paraguaio, dos quais um é indicado pelo Ministério de Relações Exteriores e dois pela Ande. O Diretor-Geral Brasileiro e o Diretor-Geral Paraguaio também integram o Conselho de Administração, com voz, porém sem voto.

Auditoria, Ouvidoria e Assessoria de Compliance são órgãos subordinados funcionalmente ao Conselho de Administração.

A Diretoria Executiva é o órgão responsável pela prática dos atos de administração necessários à condução dos assuntos da Itaipu. É constituída por membros nacionais de ambos os países, em igual número e com a mesma capacidade e igual hierarquia, compõe-se do Diretor-Geral Brasileiro, do Diretor-Geral Paraguaio, dos Diretores Executivos: Técnico, Jurídico, Administrativo, Financeiro e de Coordenação, e dos Diretores: Técnico, Jurídico, Administrativo, Financeiro e de Coordenação, todos com voz e voto.

A Diretoria Geral é responsável pela coordenação, organização e direção das atividades da Itaipu.

A Diretoria Técnica é a responsável pela condução dos assuntos de engenharia, obras, operação e manutenção das instalações destinadas à produção de energia elétrica.

A Diretoria Jurídica é responsável pela condução dos assuntos jurídicos da Itaipu.

A Diretoria Administrativa é a responsável pela administração dos recursos humanos e pela direção dos serviços gerais.

A Diretoria Financeira é a responsável pela condução dos assuntos econômico-financeiros e de suprimento de bens e serviços.

A Diretoria de Coordenação é responsável pelos serviços relacionados com a preservação das condições ambientais na área do reservatório e a execução dos projetos e obras de infraestrutura fora da área das instalações destinadas à produção de energia elétrica.