El dispositivo de seguridad empresarial de la Itaipu funciona integrado con las autoridades de ambas márgenes de la región. Convenios firmados con la Policía Federal, la Policía Forestal de Paraná, la Guardia Municipal y el Departamento de Operaciones de la Frontera (DOF) de Mato Grosso do Sul permiten extender la seguridad sobre el embalse, la faja de protección del lago y los refugios biológicos.

La Policía Forestal paranaense patrulla los 1400 km de la faja de protección (bosque ciliar con una media de 200 metros de ancho que circunda al embalse y que tiene como principal función prevenir la sedimentación del embalse y la contaminación de sus aguas). Funcionarios paraguayos son responsables por la seguridad de los correspondientes elementos de protección natural sobre una mayor extensión de aproximadamente 1600 km de costa en la margen paraguaya.

El Convenio con el Departamento de Operaciones de Frontera (DOF), órgano que reúne policías civiles, militares y federales, es específico para tratar del Refugio Mbaracaju, un parque binacional localizado próximo a la región de Guairá, con el objeto de combatir el contrabando y los delitos ecológicos como el tráfico ilegal de rollos, animales y otros productos.

En el convenio con la Policía Federal, la Itaipu construyó una sede para el Núcleo Especial de Policía Marítima sobre la costa del embalse, para reforzar la seguridad en la frontera de Paraguay y Brasil y cohibir crímenes ambientales. Un destacamento naval en la margen paraguaya cumple funciones similares. 

Además de garantizar el rápido acceso para las acciones de patrulla, la infraestructura cuenta con equipo de inteligencia, para realizar el monitoreo de las comunicaciones en el área. Esta infraestructura aún va a ser incrementada con la conclusión de la segunda fase del convenio entre la binacional y la PF, que prevé la construcción de un muelle junto a la sede.

Mientras tanto, se están utilizando las instalaciones de la Marina para anclar tres lanchas patrulleras donadas por la Itaipu, una de las cuales es blindada. Con un valor aproximado de US$ 1.250.000, son utilizadas para recorrer los 170 km de extensión del lago, que posee un ancho máximo de 12 km y medio de 7 km.