Desde 1975, en su Plan Básico de Conservación del Medio Ambiente, Itaipú propuso la creación de un museo como una de las medidas mitigadoras del impacto consecuente de la construcción de la usina, buscando salvaguardar el acervo representativo de los estudios, investigaciones e inventarios realizados por Itaipú antes, durante y después de la formación de su reservorio.

Así, el 16 de octubre de 1987, el Ecomuseo de Itaipú fue creado para las funciones de colecta, investigación, conservación, interpretación, presentación y explicación de un conjunto coherente de elementos naturales y culturales representativos del medio ambiente regional, teniendo como base de trabajo la vinculación de la región (territorio) con elementos representativos de la naturaleza y del desarrollo cultural (patrimonio) y con la población local (comunidad).

En 2004, las acciones bajo responsabilidad de esta unidad de memoria y educación ambiental de Itaipú fueron re alineadas con la nueva misión de la empresa y en los fundamentos y conceptos del programa Cultivando Agua Buena.

Es objetivo general del programa rescatar, preservar, valorizar y difundir el patrimonio histórico cultural, técnico científico y ambiental de Itaipú, haciéndose un verdadero instrumento de comunicación y educación para las generaciones presentes y futuras.
 
Para atender la estrategia y los objetivos propuestos, el programa se desarrolla a través de acciones como:

- Conservación del acervo museológico;
- Rescate y socialización de la memoria institucional y regional, por medio de ciclo de memorias y exposiciones permanentes, temporales e itinerantes;
- Complementación de obras del circuito museográfico;
- Documentación técnica del Ecomuseo de Itaipú; y
- Acompañamiento del mantenimiento de la infraestructura civil y mecánica.
 
El Programa tiene como socios y beneficiarios directos a instituciones públicas y privadas y la comunidad regional, representadas por asociaciones de artistas, funcionarios de 29 Secretarías de Cultura y Educación de la Región de la Cuenca del Paraná 3 (BP3), Museos y Centros de Cultura, entre otras instituciones afines.

Indirectamente, millares de turistas nacionales y extranjeros se benefician de esta iniciativa al visitar el circuito de exposiciones permanentes y temporales del Ecomuseo, con una media mensual de 2.000 personas, sumando más de 1.000.000 de visitantes en sus 21 años de actividad.

Asegurando el rescate y la socialización de la memoria y de la cultura, anualmente se realizan dos Ciclos de Memoria Regional e Institucional.

De la misma forma, se presentan al público del Ecomuseo, anualmente, cuatro nuevas exposiciones, siendo dos de artes y dos con temas socioambientales de interés comunitario y de Itaipú.

Atendiendo a la demanda regional y a los programas socioambientales de la empresa, el Ecomuseo tiene todavía tres exposiciones itinerantes con temas históricos y de reflexión social.

También constituyen resultados del programa la complementación del circuito museográfico del Ecomuseo, con actualización de exposiciones de larga duración y la inclusión de los grandes acervos externos.

Más recientemente, como resultado de las sociedades establecidas, el programa a estimulado y facilitado la constitución de la Red Regional de Cultura, Memoria y Museos, compuesta por representantes de instituciones públicas y privadas y de Itaipú Binacional, y de un Centro Virtual de Memoria Regional, en fase de diagnóstico y vigía del acervo virtual.

Como resultado de las acciones técnico científicas desarrollada en ese programa, se conservan rutinariamente cerca de 20.000 piezas del acervo museológico de Itaipú, entre maquetas, acuaterrario y objetos representativos de las colecciones arqueológicas, geológicas, etnográficas, históricas (insignias, objetos conmemorativos, numismática, máquinas y equipos, documentos históricos), faunísticas (entomología, taxidermizados e ictiofauna), botánicas (exsicata herbolario, carpoteca, xiloteca, semioteca y herbario), de ciencias y tecnología, y de artes.