A partir de 2003, con la creación del Cultivando Agua Buena, una serie de acciones que Itaipú desarrollaba en la protección y conservación de la fauna y flora silvestres, desde su creación, se reunieron en un sólo programa titulado Biodiversidad, Nuestro Patrimonio.

Por medio de las acciones contenidas en este programa se pretende dar protección y conservación a la biodiversidad regional, comprometida por la intensa interferencia del hombre en esta región a lo largo del avance de la frontera agrícola, principalmente en las décadas de los años de 1960 y 1970. Este avance acarreó al agotamiento y la destrucción de gran parte de los recursos naturales, reduciendo los ambientes nativos a pálidas muestras de lo que eran originalmente, y creando un aislamiento que amenaza, o en algunos casos condena, a las poblaciones silvestres a la degeneración y consecuentemente a la extinción.

El programa tiene como objetivo garantizar que las significativas inversiones hechas por la empresa en la implementación de las Áreas de Preservación Permanente (Faja de Protección del Reservorio), en los Refugios Biológicos, en el acompañamiento de la diversidad biológica, migración y stock pesquero del lago, en la investigación de los procesos de reproducción y cría de animales silvestres de la región amenazados con la extinción y en la pesquisa forestal, se utilicen en el mantenimiento y mejora de la variabilidad genética de la flora y la fauna regionales.

Todo el esfuerzo de conservación de la vida silvestre realizado por Itaipú hasta el momento culminó en la:

- Contribución para la creación del Corredor de Biodiversidad del Río Paraná, de tal forma que las áreas protegidas en torno del reservorio permitan la dispersión de material genético por áreas anteriormente fragmentadas a lo largo de la Cuenca del Paraná 3, interconectando el Parque Nacional de Iguaçu y su similar argentino al Parque Nacional de Isla Grande y otras áreas protegidas de Brasil, Paraguay y Argentina, en sociedad con órganos e instituciones públicos y privados;
- Formación de un grupo de trabajo para el establecimiento de un marco legal para la creación del Corredor de Biodiversidad Trinacional, a fin de contribuir a la elaboración de un proyecto de conservación transfronterizo y de interconexión de las unidades de conservación de Brasil, Paraguay y Argentina y de los fragmentos forestales representativos existentes en estos países;
- Intensificación de los trabajos de investigación y monitoreo de la ictiofauna, en especial del sistema de transposición de peces conocido como Canal de la Piracema; y
- Fundación del Banco de Germoplasma para animales silvestres y peces y la continuidad en el acompañamiento y divulgación de los datos del Banco de Germoplasma de flora.

Entre las metas de acompañamiento de este programa se destacan: la cantidad de esquejes de esencias forestales producidos y plantados, grado de conservación de las áreas protegidas, cantidad de nacimientos de animales silvestres, cantidad de especímenes de la flora y fauna mantenidos en sus bancos de germoplasma, resultados del acompañamiento de la migración y del stock pesquero del reservorio, entre otras. 

En consecuencia del alcance del programa, de la extensión y de las dimensiones de las áreas protegidas y del reservorio, de la importancia de sus resultados para el sector eléctrico brasileño y para la comunidad científica nacional e internacional, y de la transdisciplinaridad de los temas a ser considerados, fue necesaria, desde el inicio de la implantación de la usina, la formalización de sociedades con institutos de enseñanza e investigación de Brasil y exterior; órganos públicos municipales, estatales y federales; y ONGs nacionales e internacionales, todas dirigidas al desarrollo de trabajos en la conservación de la biodiversidad o en su protección, así como con la iniciativa privada.

Algunas acciones desarrolladas en este programa se realizan desde 1996 con la participación del 30% del valor por parte de los socios, como en los casos de reforestación y mantenimiento forestal. 

Las acciones previstas en el programa contribuyen significativamente a la mejora de la calidad de vida de la comunidad de la BP3 como, por ejemplo, en la calidad del aire y del agua, resultante de la recuperación forestal de los bosques ciliares y del mantenimiento de la expresiva área protegida de Itaipú (más de 100.000 hectáreas en Brasil y en Paraguay). Los bosques permiten la protección de nacientes y ríos, la creación de ambientes propicios para el retorno de la fauna local, a través de la migración o de la reintroducción y el control biológico de plagas. Otro resultado está en la migración de peces a través del Canal de la Piracema, propiciando la mejora  genética del stock pesquero y consecuente mejora de la calidad del pescado y ampliación de renta.

Además de contribuir a la mejora de la calidad de vida de los moradores de la BP3, considerando que las áreas protegidas y el reservorio representan un inmenso laboratorio a cielo abierto y una inagotable fuente de datos, los resultados obtenidos en la protección y conservación de la biodiversidad son de suma importancia para la comunidad científica de Brasil y del exterior y para las instituciones de enseñanza e investigación nacionales e internacionales, permitiendo la formación de profesionales volcados a este tema y generación de nuevos trabajos científicos y de empleo y renta para la comunidad local.    

Principales resultados:

Fauna

- Desde 2003, la reproducción exitosa genero 212 animales, con destaque para el gato tigre (Leopardus wiedii), tigrillo (Leopardus tigrinus), ocelote (Leopardus pardalis), corzuela pigmea (Mazama nana) y ciervo del pantanal (Blastocerus dichotomus) – especies raras en la región Oeste del Paraná;
- Preocupada en salvaguardar la diversidad genética faunística, Itaipú mantiene un banco de material genético criopreservado en nitrógeno líquido;
- Participación y contribución significativa en las discusiones para la implantación del Sistema Estatal de Protección a la Fauna – Sisfauna/ Confauna, del Gobierno del Estado de Paraná (Instituto Ambiental de Paraná – IAP);
- Participación en comités y grupos de trabajo de ámbito nacional, en la conservación y manejo de la fauna silvestre - Galliformes y del Paujil de Alagoas (Mitu mitu), guacamayo de Spix (Cyanopsitta spixii), para Conservación de los Felinos Brasileños Amenazados por la Extinción y del guacamayo indio (Anodorhynchus leari);
- En función de la calificación del equipo técnico, calidad de la estructura para manejo de animales silvestres y participación en el Comité para Conservación y Manejo del Guacamayo indio (Anodorhynchus leari), especie extinta en la naturaleza, Itaipú fue elegida para la realización de la cuarentena de un ejemplar de ese espécimen, cedida por la ONG Association for the Conservation of Threatened Parrots, de Alemania, para programa de reproducción en cautiverio en Brasil conducido por el Ibama (Instituto Brasileño del Medio Ambiente y Recursos Naturales Renovables);
- Contribución para la comunidad científica nacional e internacional en el patrocinio y promoción de una serie de eventos volcados a la conservación y manejo de la fauna silvestre, destacándose el curso teórico práctico sobre Actualización en Endocrinología de Animales Salvajes, dictado por las doctoras Janine Brow, del Smithsonian National Zoological Park, EE.UU., Susan Walker, del Chester Zoo, Inglaterra, y Sarah Putman, de los EE.UU., en agosto de 2008;
- Apoyo veterinario y operacional a instituciones fiscalizadoras y mantenedoras de fauna silvestre en la región Oeste de Paraná: Zoológico Bosque Guaraní, Parque de las Aves Foz Tropicana, Instituto Chico Mendes/Parque Nacional de Iguaçu, Centro de Investigaciones en Animales Salvajes (CIASI) – Itaipú/Margen Derecha (Paraguay), Zoológico Municipal de Cascavel, Policía Militar de Paraná y Policía Federal.

Flora

- Producción, en los viveros de Itaipú, desde 2003, de aproximadamente 2,5 millones de esquejes de más de 65 especies de la flora nativa, para recomponer las áreas protegidas de la empresa, así como para la BP3. La producción de los esquejes es referencia en la región, uniendo tecnología a los conceptos de biodiversidad;
- Mapeados 1.074 árboles, pertenecientes a 83 especies representativos de la flora regional, y recolectados más de 100 kg de semillas para garantizar la viabilidad genética necesaria en los trabajos de recomposición forestal de las áreas protegidas de la Entidad, así como contribuir a la BP3;
- En 2007, Itaipú participó de la campaña internacional del Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (Pnuma), que estableció la meta de la plantación de 1 mil millones de árboles en  aquel año, en todo el mundo, con el objetivo de combatir los efectos del calentamiento global. Por medio del  Programa Cultivando Agua Buena fue posible contribuir con este esfuerzo global, plantando medio millón de esquejes en la BP3;
- Realizada, en las áreas protegidas de la Entidad, desde 2003, la recomposición forestal en aproximadamente 600 hectáreas, totalizando la plantación de más de 850.000 esquejes de especies forestales;
- A fin de estudiar el potencial de uso económico de los productos forestales no maderables (PFNM) de las áreas forestales de Itaipú, se firmó contrato con la Universidad Federal de Paraná. Este trabajo subsidiará las próximas acciones de la empresa frente a este proyecto, que tiene potencial de ampliar el papel ambiental de sus activos forestales;
- En 2003 tuvo inicio el proyecto de implantación del Corredor de Biodiversidad Santa Maria, localizado en los municipios de São Miguel do Iguaçu y Santa Terezinha de Itaipú, permitiendo establecer una conexión verde entre la Faja de Protección de Itaipú y el Parque Nacional del Iguaçu, en una distancia de 12 km, de manera que de soporte a la biodiversidad regional. Desde entonces se plantaron más de 70.000 esquejes de especies forestales nativas en el área, además de la construcción de 74 km de cerca para proteger los bosques ciliares, encontrándose, actualmente, en fase de conclusión, dándose inicio a los proyectos de monitoreo y evaluación de la eficiencia del corredor;
- En 2007 se instituyó el Comité Gestor de Creación del Corredor de Biodiversidad Trinacional, incluyendo a representantes de Brasil, Paraguay y Argentina. Esta iniciativa tiene carácter transfronterizo, abarcando unidades de conservación y áreas de bosque remanentes en territorio brasileño, paraguayo y argentino;
- En función de su experiencia y su red de acción en los municipios linderos, con la participación de más de 100 personas entre técnicos de Itaipú, representantes de las comunidades lindantes y órganos municipales y estatales, incluyendo Cuerpo de Bomberos, Instituto Ambiental del Paraná e Ibama, entre otros, Itaipú pasó a ser parte del Comité Ejecutivo Estatal Bosque Vivo, de la Defensa Civil del Paraná, que edita anualmente el Plan Estatal de Prevención y Combate a Incendios Forestales en Paraná.

Ictiofauna

- Contribución a la realización de tres doctorados, dos ya concluidos y otro en ejecución, respeto del sistema de transposición de peces de Itaipú por el Canal de la Piracema;
- Ejecutadas 60 campañas para evaluación socioeconómica de la pesca en el reservorio de la usina y 25 de monitoreo de huevos y larvas de peces;
- Implantado el Banco de Germoplasma de peces, que actualmente contiene 650 dosis;
- Realizada la marcación de aproximadamente 15.000 ejemplares de peces para acompañamiento de su migración;
- Realizadas 232 operaciones de rescate de peces en las unidades generadoras, totalizando  aproximadamente 2.500 ejemplares.