El monitoreo de la calidad del agua del embalse y sus principales tributarios son una de las acciones desarrolladas para realizar el seguimiento de las condiciones del agua del Embalse.

Se analizan parámetros básicos de calidad de agua mediante campañas mensuales y estacionales.

Otra de las actividad realizada es el monitoreo del Bivalbo invasor, Limnoperna fortunei, este trabajo se realiza desde el 2000, año en que se registra por primera vez dicho organismo en el Embalse. Asimismo, son efectuados análisis parasitológicos y bacteriológicos de tal forma a determinar y prevenir posibles focos de contaminación que pudieran afectar la salud de los habitantes de las comunidades de la zona.